分居未離婚仍須合併申報：一次退稅異常換來的個人稅務規劃策略教訓
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困境
112年度（民國112年）5月間，陳女士辦理綜合所得稅結算申報。她與配偶當時已於112年3月分居，但婚姻關係尚未終止，依法仍須合併申報。往年夫妻合併申報，應納稅額大約落在兩萬多元；這次系統跑出來的結果卻是退稅約500元。陳女士心裡覺得不對勁，還跟配偶說了句「怎麼可能退稅500元」。配偶用手機操作申報系統，畫面顯示申報完成，陳女士也主動打電話問國稅局，接線人員回她：系統顯示完成就是完成，金額若有短少，之後會再通知補繳。她就這樣送出了申報。
後來國稅局查出，配偶的薪資、利息及其他所得合計978,735元根本沒被納入申報，補稅27,994元，另外還被開了4,479元的罰鍰，是所漏稅額的0.16倍，已經是補繳在先酌減過的結果。
問題剖析
陳女士在109年5月曾申請「限制他人查調本人所得資料」，原本是為了保護自己的個資，讓別人查不到她的所得。但依國稅局作業要點，「他人」的範圍也包含配偶，等於她限制了別人查她，同時也讓自己在合併申報時查不到配偶的所得。112年度她跟配偶分居，手邊沒有配偶的健保卡可以拿去查調，過去靠配偶提供憑證才能把資料一起帶進系統的做法，這年行不通了。
法院最後認定，陳女士雖然沒有故意隱匿或竄改資料，申報結果從往年要繳兩萬多變成退稅500元，這種落差已經足以讓一般人起疑，她也確實起疑了，但只停留在「申報程序有沒有完成」的確認，沒有進一步追問「配偶所得到底有沒有算進去」。這中間差了一步，法院認為就是應注意、能注意而未注意的過失，補稅裁罰因此維持。
規劃啟示
夫妻婚姻關係存續期間，即便已經分居甚至感情生變，稅法上仍視為同一課稅單位，除非依所得稅法第15條選擇分別計算稅額，否則所得還是要合併申報。曾經申請個資查調限制的人，最好主動確認這項設定會不會連帶影響配偶所得資料的查調範圍，而不是等到申報季才發現系統帶不出資料。申報結果和往年落差明顯時，與其只確認系統顯示完成，不如直接把異常情形具體說明給稽徵機關，請對方協助核對申報內容是否完整。分居而尚未離婚的階段，財務上的溝通管道即使緊繃，稅務申報這塊仍建議雙方留一條核對的線，避免各自申報卻漏了對方的所得。
結語
這起案件補稅金額不算太大，卻拖了一年多的行政程序，牽扯到申報系統設計、個資查調限制與夫妻合併申報義務之間的落差。陳女士事後一週內就把稅補齊，法院仍認定過失成立，可見有沒有及早發現並確認，比事後補救得快不快更關鍵。
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常見問答
夫妻分居但未離婚，綜合所得稅還要合併申報嗎？
依所得稅法第15條，只要婚姻關係存續中，除非選擇分別計算稅額，否則仍須以其中一方為形式納稅義務人合併申報，分居本身不影響這項義務。
申請「限制他人查調所得資料」會不會影響夫妻合併申報？
會。這項限制讓包含配偶在內的他人都無法查調你的所得，反過來合併申報時也可能查不到配偶所得，需另外取得對方資料才能完整申報。
申報結果跟往年落差很大，只確認系統顯示完成就夠了嗎？
不夠。法院見解認為發現異常後應進一步確認所得項目是否完整，只確認申報流程跑完，仍可能被認定未盡核對義務而構成過失。
事後主動補繳漏報的稅款，可以免罰嗎？
要看時點。須在稽徵機關通知或調查前主動補報補繳才符合免罰要件，經查獲通知後才補繳，仍可能依所漏稅額比例遭裁罰。
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